Es la combinación estable de varios átomos que dan lugar a un compuesto con propiedades físicas determinadas. Hay moléculas orgánicas e inorgánicas. Por ejemplo, un paquete de sal comercial contiene un 99,9 % de moléculas de cloruro sódico, un compuesto formado por la combinación de cloro y sodio. El 0,1
restante son moléculas de cloruro potásico en su mayoría, ya que esta es la impureza más frecuente en dicho producto.
Hay moléculas muy sencillas como la de sal, y el agua, y otras muy complicadas como la de ADN (siglas del Ácido Desoxirribonucleico), compuestas solamente por carbono, hidrógeno y nitrógeno y las moléculas compuestas a partir de estos átomos.